С момента заражения до того, как появились первые признаки кокцидиоза, может пройти 2–3 дня. После проникновения паразитов в печень, кишечник, наступает тяжелая форма заболевания. У крольчат диагностируют кишечную и печеночную форму инфекции.
Кишечная форма у молодняка, как правило, протекает в острой форме. У крольчат отмечают нарушение пищеварительных процессов, профузную диарею, чередующуюся с запорами. Больные малыши плохо поедают корм, не набирают массу, быстро теряют вес. Ухудшается состояние шерстного покрова. Из глаз, носика выделяются слизистые, гнойные истечения. Шерстка матовая, взъерошенная. В каловых массах заметна слизь, хлопья, остатки непереваренного корма, кровянистые сгустки, вкрапления. Животик дряблый, обвисший.